Durant leur conservation et leur archivage, les dossiers doivent être protégés grâce à des mesures organisationnelles et techniques appropriées. Toute personne qui traite des données personnelles est responsable de leur sécurité. Les mesures sont définies en fonction du besoin de protection. Plus les données sont sensibles, plus le besoin de protection est élevé. Des dossiers qui contiennent des données personnelles particulièrement dignes de protection, comme ceux des services psychologiques pour enfants et adolescents, doivent être conservés sous clé.
Les mesures de protection dépendent du choix du support. Pour la protection des données électroniques, voir le chapitre Sécurité de l’information.